Ông mất ngày 22 tháng 6 năm 1995 tại nhà riêng phố Tràng Thi, quận Hoàn kiếm, Thành phố Hà Nội thọ 94 tuổi, được an táng tại Nghĩa trang Mai Dịch, Hà Nội.

Lễ tang ông được tổ chức trọng thể mấy hôm sau, ngày 26-6-1995 tại trụ sở Uỷ ban TW Mặt trận Tổ quốc Việt Nam. Chủ tịch đoàn Chủ tịch Ủy ban Trung ương mặt trận Tổ quốc Việt Nam Lê Quang Đạo đọc điếu văn, sau khi nhắc lại vắn tắt thân thế và sự nghiệp của người quá cố, ông nói: "Chín mươi ba là tuổi đại thọ. Đại thọ của cụ Hoè thật đáng quý vì trong cuộc đời dài ngót thế kỷ, cụ không phải là người thụ động chứng kiến diễn biến của lịch sử nước nhà mà còn tự nguyện góp phần vào việc gạt bỏ chế độ cũ và sự ra đời của chế độ mới. Như cụ đã viết trong tập hồi ký Từ triều đình Huế đến chiến khu Việt Bắc của mình, cụ làm việc đó theo tiếng gọi của Tổ Quốc, theo sự thúc giục của lương tâm, với tấm lòng thiết tha mong muốn nước nhà có một chế độ mới thay thế chế độ vua quan lỗi thời mà cụ hiểu rất rõ".